วัดทรายมูล ก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2246 แต่เดิมชื่อว่า วัดสันก้างปลาเพราะเรียกชื่อตามหมู่บ้าน แต่เดิมนั้นเป็นป่าไม้ก้างปลี่เกิดขึ้นที่ดอนทราย ที่น้ำแม่ออนพัดพามา ชาวบ้านในสมัยนั้นช่วยกันแผวถ้างสร้างโรงกระต๊อบมุงด้วยใบจาก ใช้เป็นโรงปฏิบัติธรรมของพระสงฆ์และศรัทธาทายกทายิกาศรัทธาที่อุปถัมภ์วัด
วัดทรายมูล แต่เดิมมีการบออกเล่าสืบต่อกันมา และอ้างประวัติศาสตร์ของเมืองเชียงใหม่ว่าสร้างขึ้นเมื่อสมัยเมืองเชียงใหม่ตกเป็นเมืองขึ้นของพม่า สมัยพระเจ้าตะเบงชะเวตี้ลิ้นคำ ตั้งแต่ พ.ศ. 2101 ถึง พ.ศ. 2317 เป็นเวลา 216 ปี มีพระยาสุรวะฤาชัยสงคราม (หนานติ๊บช้าง) กู้เอกราชพร้อมกับพระเจ้าตากสิน ช่วยกันกอบกู้เมืองเชียงใหม่ ปี พ.ศ. 2317 ในสมัยนั้นเชียงใหม่ยังตกเป็นเมืองขึ้นของพม่าอยู่ ในสมัยที่เจ้าแรนร่าเป็นเจ้าเมืองเชียงใหม่องค์ที่ 11 ซึ่งเป็นคนพม่าและมีเจ้าเมืองสืบต่อมาอีก 6 องค์ โดยได้ยึดคืนได้
ต่อมาในปี พ.ศ. 2341 พระยากาวิละได้รวบรวมคนจากเมืองต่างๆ เหล่านั้นไว้เมืองเชียงใหม่หลังจากที่พม่าพ่ายแพ้แล้ว เมืองเชียงใหม่ตกเป็นเมืองร้างไม่มีผู้คนอาศัยอยู่ โดยไปต้อนผู้คนจากเมืองปุ เมืองสาด เมืองแจด เมืองกึง เมืองกุน มารวมเมืองเชียงใหม่
ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2342 ไปตีเอาชาวเมือง (ตอนเอาผู้คน) ในรัฐฉานมาไว้ที่วัวลาย นันตาสี่เหลี่ยม บ้านสะต่อย สร้อยไร่ ท่าร้างบ้านนา ทุ่งอ้อ และไปตีเอาเมืองเชียงตุง เมืองเชียงรุ้ง แคว้นต่างๆ ในสิบสองปันนามาถึงหัวเมืองบนถึงฝั่งแม่น้ำสาละวิน โดยเฉพาะเขตน้ำหนังดินล้านนามาก่อนรวม 57 หัวเมือง
ชาวทรายมูลแต่เดิมนั้นเป็นชาวไตเขินที่ถูกกวาดต้อนมาพร้อมกับชาวเขินบ้านสันก้างปลา บ้านมอญ บ้านสันกลางเหนือ และอีกหลายแห่งที่พลัดถิ่นอยู่กันคนละอำเภอ แต่ได้รับอิทธิพลในสมัยนั้น คือการอยู่รวมกันเป็นกลุ่มก้อน และมีวัฒนธรรมอันเป็นเอกลักษณ์ เช่น วัฒนธรรมการพูด การทำอาหาร การแต่งกาย การก่อสร้างบ้านเรือน และประเพณีพิธีกรรมทางพระพุทธศาสนา เป็นต้น
• ได้รับอนุญาตตั้งเป็นวัด พ.ศ. 2465
• ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา พ.ศ. 2470
