เมื่อประมาณจุลศักราช 1137 ปีกุล สัปตศก (พ.ศ.2418) นายน้อยอภัย บุตรของพระยาเขื่อนแก้วกับนางสุนันทาธิดา เจ้าเมืองเหล็กแห่งรัฐเชียงตุง พร้อมกับบริขารชาวเมืองเหล็ก ได้อพยพเข้ามาตั้งหมู่บ้านขึ้นมาใหม่ในเวลานั้น ณ ที่ตั้งหมู่บ้านดงขี้เหล็ก ซึ่งในขณะนั้นมีสภาพเป็นป่ารกร้าง เรียกว่า เมืองฮ่องฮังแฮ้งเก่า แขวงเมืองแม่ออน
ต่อมาในปีชวดอัฐศก จุลศักราช 1138 (พ.ศ.2419) นายน้อยอภัย ได้บูรณปฏิสังขรณ์วัดร้างที่มีอยู่เดิมทางทิศเหนือของหมู่บ้าน ทั้งนี้ได้รับความร่วมมือจากชาวบ้านเป็นอย่างดี วัดร้างที่กล่าวมีอาณาเขตกว้างขวาง พระวิหารที่ชำรุดทรุดโทรมมี โบสถ์ เจดีย์ คงสภาพที่พอจะทำการบูรณปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่ได้ ณ วัดร้างมีต้นขี้เหล็กใหญ่ขึ้นปกคลุมหนาแน่นจึงเรียกชื่อวัดและหมู่บ้านที่ตั้งขึ้นใหม่ วัดบ้านดงขี้เหล็ก
การบูระปฏิสังขรณ์วัดได้สำเร็จในปีชวด อัฐศก จุล1138 (พ.ศ.2419) ในสมัยพระยาพรหม เจ้าเมืองแม่ออน (สันกำแพงในปัจจุบัน) ตรงกับสมัย กาวิโลรส สุริยวงศ์ ผู้ครองนครเชียงใหม่ ในรัชกาลของระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 แห่งวงศ์จักรี
• ได้รับอนุญาตตั้งเป็นวัด พ.ศ. 2395