ก่อนที่จะเป็นวัดน้ำโจ้ในปัจจุบันนี้ บ้านน้ำโจ้เคยมีวัดอยู่ 2 วัด วัดแรกคือวัดห่างใต้ และวัดที่ 2 คือว่าห่างเหนือ โดยวัดร้างใต้เป้นที่ตั้งของโรงเรียนบ้านน้ำโจ้ และวัดร้างเหนือเป็นที่ตั้งของที่ทำการประปาบ้านน้ำโจ้ในปัจจุบัน มีประวัติที่ผู้เฒ่าผู้แก่ ได้เล่ามาว่าได้มีชาวเผ่าเงี้ยวได้สร้างขึ้นในราวช่วงปลายของกรุงสุโขทัย อยู่มา 3-4 ช่วงอายุคน ได้ถูกข้าศึกเข้ารุกรานและทำลานเสียหายหมด ผู้คนสมัยนั้น จึงได้ย้ายไปสร้างวัดที่แห่งใหม่ ซึ่งอยู่ทางทิศตะวันออกของวัดเดิมเรียกว่าวัดห่างเหนือ ตามหลักฐานที่ปรากฏชาวบ้านได้มาขุดเอาดินซึ่งเป็นที่ตั้งของอุโบสถกลางน้ำของวัดน้ำโจ้ในปัจจุบันไปถมพื้นที่ให้สูงขึ้นเพื่อสร้าง พระวิหารเป็นวัดที่มีศาสนสถานพร้อม มีกำแพงล้อมรอบ และเมื่อศาสนารุ่งเรืองพระภิกษุและชาวบ้านก็ได้มาสร้างศาลาไม้กลางน้ำ ที่ได้ขุดดินไปถมสร้างพระวิหาร เพื่อใช้เป็นที่ประกอบพิธีกรรมทางศาสนาโดยอยู่ไม่ห่างจากวัดห่างเหนือมากนัก ต่อมาวัดห่างเหนือได้ประสบหับอัคคีภัย พระภิกษุ สามเณรชาวบ้านจึงได้ขนย้ายพระพุทธรูป พระธรรม คำสั่งสอนต่างๆ มาไว้ที่ศาลากลางน้ำ พร้อมทั้งได้ก่อสร้าง กุฏิ วิหาร ศาลาบาตรขึ้นมาใหม่ และปรับปันุงตามยุคตามสมัยเพื่อให้เหมาะสมกับประกอบพิธีกรรมทางศาสนาของพุทธศาสนิกชนทั่วไป ซึ่งปัจจุบันคือ วัดบ้านน้ำโจ้
